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蛋白质结构的预测及其应用
蛋白质结构的预测是结构基因组学的重要研究内容,本文就蛋白质结构预测的方法和应用进行了综述,介绍了比较建模、折叠识别、从头计算等3种方法及其在结构基因组学研究、药物设计、蛋白质设计中的.应用,并且对蛋白质结构预测存在的主要问题进行了讨论,指出了今后蛋白质结构预测研究重点在于优化比对算法和计分函数以及膜蛋白的结构预测.
作 者：宁正元 林世强 NING Zheng-yuan LIN Shi-qiang 作者单位：福建农林大学计算机与信息学院,福建,福州,350002 刊 名：福建农林大学学报（自然科学版） ISTIC PKU英文刊名：JOURNAL OF FUJIAN AGRICULTURE AND FORESTRY UNIVERSITY(NATURAL SCIENCE EDITION) 年，卷(期)： 35(3) 分类号：Q518 关键词：蛋白质结构 比较建模 折叠识别 从头计算支持向量机及组合预测在蛋白质四级结构分类中的应用
目的:基于支持向量机建立一个自动化识别新肽链四级结构的方法,提高现有方法的识别精度.方法:改进4种已有的蛋白质一级序列特征值提取方法,采用线性和非线性组合预测方法建立一个有效的`组合预测模型.结果:以同源二聚体及非同源二聚体为例.对4种特征值提取方法进行改进后其分类精度均提升了2～3%;进一步实施线性与非线性组合预测后,其分类精度再次提高了2～3%,使独立测试集的分类精度达到了90%以上.结论:4种特征值提取方法均较好地反应出蛋白质一级序列包含四级结构信息,组合预测方法能有效地集多种特征值提取方法优势于一体.
作 者：谭显胜 袁哲明 周铁军 熊洁仪 王春娟 TAN Xian-shen YUAN Zhe-ming ZHOU Tie-jun XIO NG Jie-yi WANG Chun-juan 作者单位：谭显胜,TAN Xian-shen(湖南农业大学生物安全科学技术学院,湖南,长沙,410128;湖南农业大学理学院,湖南,长沙,410128)袁哲明,熊洁仪,王春娟,YUAN Zhe-ming,XIO NG Jie-yi,WANG Chun-juan(湖南农业大学生物安全科学技术学院,湖南,长沙,410128)
周铁军,ZHOU Tie-jun(湖南农业大学理学院,湖南,长沙,410128)
刊 名：现代生物医学进展 ISTIC英文刊名：PROGRESS IN MODERN BIOMEDICINE 年，卷(期)： 8(4) 分类号：Q518-3 关键词：蛋白质四级结构 分类 支持向量机 组合预测基于同源建模的蛋白质结构预测方法的研究
针对profile-profile方法中profile中出现的数据稀疏问题所采用的数据平滑技术以及对于生成排列过程中对于新的计分体系所采用的'动态规划算法,并且在HOMSTRAD数据库上进行的排列精度实验,结果证明采用profile-profile方法并结合数据平滑和动态规划技术可以有效地提高查询序列和目标序列的排列精度.
作 者：陈红梅 周俊祥 Chen Hongmei Zhou Junxiang 作者单位：商丘师范学院,计算机科学系,河南,商丘,476000 刊 名：河南科学 ISTIC英文刊名：HENAN SCIENCES 年，卷(期)： 27(9) 分类号：O24 关键词：蛋白质结构预测 同源建模 数据平滑一种快速比较蛋白质结构预测模型相似性的方法
根据相同立体结构中的各部分只需一个旋转矩阵就能将两者叠合在一起的基本原理,对原有的结构比较方法作了改进,使其比较速度得到很大提高.尤其是对相似蛋白质结构的比较,速度的提高更为显著.由于在蛋白质天然构象的一致性分析中,模型结构之间的比较是其计算时间的.瓶颈,因此本法对提高一致分析方法的计算效率有着重要的意义.
作 者：徐建平方慧生 相秉仁 XU Jian-ping FANG Hui-sheng XIANG Bin-ren 作者单位：徐建平,相秉仁,XU Jian-ping,XIANG Bin-ren(中国药科大学分析测试中心)方慧生,FANG Hui-sheng(中国药科大学生命科学与技术学院,南京,210009)
刊 名：中国药科大学学报 ISTIC PKU英文刊名：JOURNAL OF CHINA PHARMACEUTICAL UNIVERSITY 年，卷(期)： 37(3) 分类号：Q518.2 关键词：蛋白质结构预测 旋转矩阵 蛋白质模型比较麻疯树脂酶全长基因克隆、表达及其蛋白质结构预测
脂酶(Lipase,EC3.1.1.3)是普遍应用于皮革、饲料及生物柴油工业的工业酶制剂,具有广泛的应用价值.目前对植物来源的脂酶研究较少.本研究用在生物柴油中具有应用前景的`油料植物--麻疯树(Jatropha curcas)作为研究对象,克隆了该物种的脂酶基因(JcLIP).通过多序列比对并结合物种的亲缘关系设计了具有较高特异性的简并引物,通过使用RT-PCR和lRACE技术,最终获得了麻疯树脂酶基因的全长序列并成功地在大肠杆菌中表达,酶活测定结果表明,麻疯树脂酶在大肠杆菌中表达在包涵体中,但是能产生具有活力的蛋白质,酶活约为0.8 U・mL-1.结构预测和比较表明,JcLIP蛋白质具有脂酶的结构核心和催化活性中心,而在非核心区具有较毛霉脂酶更多的插入和随机卷曲,这可能是决定二者之间酶活差异的重要原因.
作 者：王小行 彭峰 牛冬云 李钢 陈放 Xiaoxing Wang Feng Peng Dongyun Niu Gang Li Fang Chen 作者单位：王小行,陈放,Xiaoxing Wang,Fang Chen(四川大学生命科学学院,成都,610064)彭峰,牛冬云,李钢,Feng Peng,Dongyun Niu,Gang Li(四川川大光耀生物工程有限公司,成都,610065)
刊 名：植物学通报 ISTIC PKU英文刊名：CHINESE BULLETIN OF BOTANY 年，卷(期)：2006 23(6) 分类号：Q94 关键词：脂酶 麻疯树 简并引物 蛋白质结构位置定向自旋标记-电子顺磁共振技术在蛋白质结构研究中的应用
位置定向的自旋标记(SDSL)技术结合电子顺磁共振(EPR)波谱技术成为检测蛋白质结构的有力工具.目前SDSL正经历快速发展的应用阶段.本文主要讨论SDSL-EPR技术在蛋白质二级和三级结构的检测中的应用.主要包括自旋标记物侧链易趋性(accessibility)和运动性的.改变,膜蛋白位形图,静电势,膜蛋白在膜表面的位置定向,残基间距离以及时间分辨结构改变的研究.这些改变可以在毫秒和纳秒范围内得到检测,从而实现蛋白在行使功能时构象改变的检测.该方法对蛋白分子的大小没有限制,样品量可以很少,有时50～100皮摩尔(pmol)即可.所有这些特点使得SDSL可以在蛋白质结构和动力学研究中得到广泛应用.
作 者：王长振 吴可 WANG Chang-Zhen WU Ke 作者单位：军事医学科学院放射与辐射医学研究所,北京,100850 刊 名：军事医学科学院院刊 ISTIC PKU英文刊名：BULLETIN OF THE ACADEMY OF MILITARY MEDICAL SCIENCES 年，卷(期)：2006 30(5) 分类号：Q51 关键词：自旋标记物 电子自旋共振谱学 蛋白质组★ 蛋白质的论文
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