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植物水溶性蔗糖合成酶生物信息学分析初探
用生物信息学方法对已在GenBank上注册的黑麦草、绿竹、菜豆、马铃薯、颤杨等植物水溶性蔗糖合成酶基因的核苷酸序列以及推导的氨基酸序列、组成成分、氨基酸翻译后修饰、导肽、跨膜拓朴结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级结构以及功能结构域等进行分析预测和推断的结果表明,这些植物的.水溶性蔗糖合成酶位于线粒体中,是非跨膜的亲水性蛋白,α-螺旋和不规则卷曲是其蛋白质二级结构的主要结构元件,β-转角和延伸链散布于整个蛋白质中,包含2个功能结构域,即蔗糖合成功能域和糖基化合物转移功能域.
作 者：韩立敏 王粗 HAN Li-Min WANG Zhe-Zhi 作者单位：陕西师范大学生命科学学院,西安,710062 刊 名：植物生理学通讯 ISTIC PKU英文刊名：PLANT PHYSIOLOGY COMMUNICATIONS 年，卷(期)： 42(5) 分类号：Q94 关键词：蔗糖合成酶 水溶性 生物信息学植物蔗糖转运蛋白
文章概述了植物蔗糖转运蛋白的结构、性质和类群的研究进展.
作 者：白雪梅 张立军 吴晓丹 胡凯 阮燕晔 BAI Xue-Mei ZHANG Li-Jun WU Xiao-Dan HU Kai RUAN Yan-Ye 作者单位：沈阳农业大学生物科学技术学院,沈阳,110161 刊 名：植物生理学通讯 ISTIC PKU英文刊名：PLANT PHYSIOLOGY COMMUNICATIONS 年，卷(期)：2006 42(6) 分类号：Q94 关键词：植物 蔗糖转运蛋白植物萜类合成酶3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶的生物信息学分析
采用生物信息学的方法和工具对已在GenBank上注册的橡胶、烟草、辣椒、穿心莲等植物的萜类合成酶3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶的核酸及氨基酸序列进行分析,并对其组成成分、信号肽、跨膜拓朴结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级及三级结构、分子系统进化关系等进行预测和推断.结果表明:该类酶基因的全长包括5'、3'非翻译区和一个开放阅读框,无信号肽,是一个跨膜的亲水性蛋白,包括两个功能HMG-CoA结合motif及两个功能NADPH结合motif,α-螺旋和不规则盘绕是蛋白质二级结构最大量的.结构元件,β-转角和延伸链散布于整个蛋白质中,蛋白质的功能域在空间布局上折叠成“V”形,“V”形的两臂由螺旋状的N结构域和S结构域构成,中间部分由L结构域构成.
作 者：李嵘 王粗 LI Rong WANG Zhe-zhi 作者单位：陕西师范大学,生命科学学院,陕西,西安,710062 刊 名：广西植物 ISTIC PKU英文刊名：GUIHAIA 年，卷(期)： 26(5) 分类号：Q942.6 Q943.2 关键词：植物萜类合成 3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR) 生物信息学植物查尔酮异构酶的生物信息学分析
采用生物信息学方法和工具对GenBank中的洋葱、豌豆、番茄和茶等植物的黄酮类化合物合成关键酶查尔酮异构酶(CHI)的`核酸和氨基酸序列进行了比对、分析和建模,进而对其分子结构、理化性质、亚细胞定位、蛋白转运肽、跨膜结构域、疏水性、分子系统进化、蛋白质二级和三级结构等重要参数进行了预测和推理.结果表明:该类酶基因的全长包括5'、3'非翻译区和一个开放阅读框,无蛋白转运肽,且定位于细胞质基质,是一个疏水性蛋白,二级结构均以随机卷曲和α-螺旋为主要构件,洋葱和豌豆的CHI三维建模成功.
作 者：雷桅 邹祥 向阳 汤绍虎 孙敏 LEI Wei ZOU Xiang XIANG Yang TANG Shao-hu SUN Min 作者单位：雷桅,向阳,汤绍虎,孙敏,LEI Wei,XIANG Yang,TANG Shao-hu,SUN Min(西南大学,生命科学学院,三峡库区生态环境教育部重点实验室,重庆,400715)邹祥,ZOU Xiang(西南大学药学院,重庆,400715)
刊 名：北方园艺 PKU英文刊名：NORTHERN HORTICULTURE 年，卷(期)： “”(2) 分类号：Q946.5 Q558 关键词：查尔酮异构酶 生物信息学 黄酮类化合物毛白杨纤维素合成酶基因(PtoCesA1)克隆、序列分析及其植物表达载体的构建
以毛白杨形成层为材料克隆了毛白杨纤维素合成酶基因(PtoCesA1),序列分析表明该基因序列为3215bp,与欧洲颤杨的'PtCesA1基因同源性为97%具有开放的阅读框,编码区在52～2985碱基之间,编码区为2925bp.通过同义突变引入BamHI酶切位点,将全长基因克隆到植物表达载体pBI121中,经酶切和PCR鉴定确认载体构建正确,为下一步ptoCesA1转基因功能研究打下了基础.
作 者：李春秀 齐力旺 王建华 张守攻 LI Chun-xiu QI Li-wang WANG Jian-hua ZHANG Shou-gong 作者单位：李春秀,LI Chun-xiu(中国林业科学研究院林业研究所细胞生物学实验室,北京,100091;四川农业大学林学园艺学院,雅安,625014)齐力旺,王建华,张守攻,QI Li-wang,WANG Jian-hua,ZHANG Shou-gong(中国林业科学研究院林业研究所细胞生物学实验室,北京,100091)
刊 名：中国生物工程杂志 ISTIC PKU英文刊名：CHINA BIOTECHNOLOGY 年，卷(期)： 26(2) 分类号：Q785 关键词：毛白杨 纤维素合成酶基因 植物表达载体作物叶中蔗糖磷酸合成酶的生物学功能与调控的研究进展
介绍转蔗糖磷酸合成酶(SPS)的基本理化特性及SPS基因的克隆情况,综述利用转基因SPS植株研究作物叶中的SPS对光合作用产物的分配积累以及对作物的生长、发育、产量、品质、氮素转运的影响,以及SPS对高浓度二氧化碳的反应和SPS活性的调控等方面的研究进展.提出今后SPS的'研究重点应该围绕解析SPS和磷酸蔗糖磷酸化酶(SPP)之间的关系,以及选育用于生产生物质能源的转SPS基因的甘蔗和木薯品种等方面开展.
作 者：邓英毅 郑虚 DENG Ying-yi ZHENG Xu 作者单位：邓英毅,DENG Ying-yi(西南大学园艺园林学院,重庆400716;广西大学农学院,广西南宁530004)郑虚,ZHENG Xu(广西农业科学院经济作物研究所,广西南宁,530007)
刊 名：广西科学院学报 英文刊名：JOURNAL OF GUANGXI ACADEMY OF SCIENCES 年，卷(期)： 25(1) 分类号：Q946.5 关键词：蔗糖磷酸合成酶 叶 生物学功能 调控 二氧化碳miR-15a靶基因的预测及生物信息学分析
目的:对目前研究较为广泛的miR-15a的靶基因进行预测及相关生物信息学分析,以期为miR-15a靶基因的实验验证提供数据支持,并为深入研究miR-15a的`调控机制及生物学功能奠定基础和提供理论指导.方法:选择TargetScan 5.1与PicTar两种计算方法预测miR-15a的靶基因的交集作为分析的基因集合,分别进行GO注释描述、GO富集分析和生物通路富集分析.结果与结论:预测靶基因集合分别富集在转录调控、蛋白质修饰、细胞周期等生物学过程和蛋白激酶活性等分子功能上(P<0.01);经典miR-15a预测靶基因集合显著富集于KEGG通路数据库中的Wnt信号通路、细胞周期和p53信号通路等5个信号转导通路及前列腺癌、慢性髓细胞性白血病、黑素瘤等7个疾病通路中(P<0.05).
作 者：张菁 邹淑雪 张茂林 关振宏 段铭 ZHANG Jing ZOU Shu-Xue ZHANG Mao-Lin GUAN Zhen-Hong DUAN Ming 作者单位：张菁,ZHANG Jing(湖南农业大学,动物医学院,湖南,长沙,410128;人兽共患病研究教育部重点实验室,吉林大学,人兽共患病研究所,吉林,长春,130062)邹淑雪,ZOU Shu-Xue(吉林大学,计算机科学与技术学院,吉林,长春,130012)
张茂林,关振宏,段铭,ZHANG Mao-Lin,GUAN Zhen-Hong,DUAN Ming(人兽共患病研究教育部重点实验室,吉林大学,人兽共患病研究所,吉林,长春,130062)
刊 名：生物技术通讯 ISTIC英文刊名：LETTERS IN BIOTECHNOLOGY 年，卷(期)： 21(2) 分类号：Q811.4 关键词：miRNA 靶基因 生物信息学河豚白介素2基因鉴定及其生物信息学分析
利用比较基因组学方法,在河豚(Fugu rubripes)基因组中鉴定了IL-2基因(FrIL-2).该基因为单拷贝基因,其结构、染色体定位均和人等高等动物一致,但基因非常精简.基因上游调控区含众多转录因子结合位点,3'UTR含poly(A)加尾信号和8个细胞因子类普遍存在的转录不稳定序列;FrIL-2基因编码149个氨基酸,N端含22个氨基酸组成的信号肽,肽链内含8个Cys,其中和生物学活性相关的`Cys-66和Cys-116高度保守,在结构上存在一个类似IL-2特征性功能域结构,此外还存在一些修饰位点如N-糖基化位点和N端酰基化位点.比较河豚与人、哺乳动物、鸟类等IL-2的同源性,其氨基酸序列相似性为25%～34%.研究结果为今后利用鱼类基因组数据库和生物信息学快速鉴定新的鱼类功能基因打下了方法学基础,也为进一步开展鱼类IL-2基因功能研究提供了科学依据.
作 者：董伟仁 邵健忠 项黎新 DONG Wei-ren SHAO Jian-zhong XIANG Li-xin 作者单位：浙江大学,生命科学学院,浙江,杭州,310012 刊 名：浙江大学学报（理学版） ISTIC PKU英文刊名：JOURNAL OF ZHEJIANG UNIVERSITY (SCIENCE EDITION) 年，卷(期)：2006 33(6) 分类号：Q952.5 关键词：河豚 IL-2基因 鉴定 比较基因组学★ 植物范文
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