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甜槠ISSR-PCR反应体系的正交优化
对甜槠Castanopsis eyrei进行遗传多样性研究的过程中,为了获得清晰可靠、重复性强的ISSR扩增结果,利用正交设计对Mg2+,dNTP,引物,Taq酶,牛血清蛋白(BSA)和模板DNA等6种因素5个水平进行筛选和优化.确定甜槠ISSR-PCR最适宜反应体系为:10 μL反应体积中,1×Taq酶配套缓冲液(10 mmol・L-1 Tris-HCl,pH 9.0,50 mmol・L-1 KCl,10 g・L-1 TritonX-100),1.7 mmol・L-1Mg2+,0.25 mmol・L-1 dNTP,8.34 nkat TaqDNA 聚合酶,1.5 g・L-1牛血清白蛋白,6 pmol引物,12 ng模板DNA.甜槠扩增时引物UBC846的'最适退火温度为56.3 ℃.图2表1参23
作 者：张文标 金则新 李钧敏 潘冠琼 ZHANG Wen-biao JIN Ze-xin LI Jun-min PAN Guan-qiong 作者单位：张文标,ZHANG Wen-biao(西南师范大学,三峡库区生态环境教育部重点实验室,重庆,400715;台州学院,生态研究所,浙江,临海,317000)金则新,李钧敏,潘冠琼,JIN Ze-xin,LI Jun-min,PAN Guan-qiong(台州学院,生态研究所,浙江,临海,317000)
刊 名：浙江林学院学报 ISTIC PKU英文刊名：JOURNAL OF ZHEJIANG FORESTRY COLLEGE 年，卷(期)： 23(5) 分类号：Q946 S792.17 关键词：植物学 ISSR-PCR 正交设计 优化 甜槠牡丹ISSR-PCR反应体系正交优化设计
以“凤丹”(Paeonia ostii)基因组DNA为模板,采用正交试验设计方法,研究牡丹ISSR反应体系的影响因素,建立了适合牡丹的'ISSR反应体系及程序.10μl反应体系为:1×反应缓冲液,2.5 mmol/L M2+,0.4 mmol/L dNTPs,1.0 U Taq聚合酶,0.75μmol/L引物,10～20 ng模板DNA.反应程序为:94℃预变性3 min;94℃变性45 s,45～60℃(不同引物退火温度各异)复性45 s,72℃延伸90 s,35个循环;72℃延伸7 min;4℃保存.通过梯度退火试验,确定不同引物的退火温度.
作 者：王佳 胡永红 张启翔 作者单位：王佳,张启翔(北京林业大学,北京,100083)胡永红(上海植物园,上海,31)
刊 名：安徽农业科学 ISTIC PKU英文刊名：JOURNAL OF ANHUI AGRICULTURAL SCIENCES 年，卷(期)：2006 34(24) 分类号：Q946-33 关键词：牡丹 ISSR-PCR 正交设计 反应体系正交优化法建立沙打旺ISSR-PCR最佳反应体系
根据正交试验设计的原理,设计了探索性正交试验和细调性正交试验来确定沙打旺ISSR-PCR体系中各成分的浓度.得到既稳定又能扩出最多条带的`适合沙打旺的ISSR-PCR最佳反应体系,即20 μl的反应体系中含有1×buffer,dNTP 0.2 mmol/L,Taq酶1.0 U,引物0.3 μmol/L,Mg2+2.5 mmol/L,DNA模板2.5 ng/μl.然后对沙打旺ISSR-PCR最佳反应体系进行梯度退火试验,得到这条引物的最佳退火温度为54.1 ℃.这一最佳体系的建立为今后利用ISSR标记技术,研究沙打旺的遗传多样性提供了标准化程序.
作 者：陈志宏 黄琳凯 张新全 王志刚 作者单位：陈志宏,王志刚(全国畜牧兽医总站畜禽牧草种质资源保存利用中心,北京,100094)黄琳凯,张新全(四川农业大学动物科技学院草业科学系,四川雅安,625014)
刊 名：安徽农业科学 ISTIC PKU英文刊名：JOURNAL OF ANHUI AGRICULTURAL SCIENCES 年，卷(期)： 34(13) 分类号：Q946-33 关键词：沙打旺 ISSR 正交优化 反应体系鹧鸪茶ISSR-PCR反应体系优化的研究
通过单因素试验研究了大戟科野桐属植物鹧鸪茶ISSR-PCR反应体系中的主要影响因子.经过优化实验,建立了一套稳定的鹧鸪茶ISSR-PCR反应体系:10×buffer 2.5μL,1.5～3.0 mmol・L-1MgCl2,50～300 μmol・L-1dNTPs,Taq酶2.5～3.0U,引物0.3～0.6μmol・L-1,DNA模板80～160 ng.最后用无菌超纯水补足至25μL.PCR扩增程序为:94℃预变性4 min,然后按94℃变性40 s.52～54℃退火45 s,72℃延伸120 S,进行40个循环,最后72℃延伸8 min:16℃保存.该反应条件可应用于鹧鸪茶不同居群间亲缘关系和遗传多样性分析.
作 者：李娟玲 刘国民 贾媛 LI Juanling LIU Guomin JIA Yuan 作者单位：李娟玲,刘国民,LI Juanling,LIU Guomin(海南大学,热带生物资源教育部重点实验室,海南,海口570228;海南大学,苦丁茶研究所,海南,海口570228)贾媛,JIA Yuan(海南大学,苦丁茶研究所,海南,海口570228)
刊 名：海南师范大学学报（自然科学版） 英文刊名：JOURNAL OF HAINAN NORMAL UNIVERSITY(NATURAL SCIENCE) 年，卷(期)： 22(2) 分类号：Q943 关键词：鹧鸪荼 ISSR 影响因子 体系优化獐ISSR-PCR反应体系的建立与优化及引物筛选
利用正交试验L16(45)对影响獐(Hydropotes inermis)ISSR-PCR反应的Taq DNA聚合酶浓度、dNTP浓度、引物浓度、Mg2+浓度及模板DNA浓度5个因素在4个水平上进行优化,同时对退火温度进行梯度PCR反应,以建立适合于獐ISSR-PCR反应的最佳体系.最终确定獐25μL ISSR-PCR反应体系为:Taq酶1.25 U・25μL-1、Mg2+浓度2.5 mmol・L-1、引物浓度0.3 μmol・L-1、DNA模板量350 ng・25μL-1、dNTP浓度0.15 mmol・L-1.在此基础上,利用优化的反应体系成功筛选出10条用于獐相关研究的ISSR引物并确定了各自的`最佳退火温度,为今后利用ISSR技术进行獐的物种鉴定与分类、亲缘关系、系统发育和生理病理学研究奠定了技术基础,也为开展其它大型资源动物如黑麂的保护遗传学研究提供理论基础.
作 者：张龙龙 鲍毅新 于华会 许婧 孙波 ZHANG Long-long BAO Yi-xin YU Hua-hui XU Jing SUN Bo 作者单位：张龙龙,鲍毅新,许婧,孙波,ZHANG Long-long,BAO Yi-xin,XU Jing,SUN Bo(浙江师范大学生态研究所,金华,321004)于华会,YU Hua-hui(中国林业科学研究院亚热带林业研究所,浙江,富阳,311400)
刊 名：生态科学 英文刊名：ECOLOGICAL SCIENCE 年，卷(期)：2009 28(4) 分类号：Q953 Q959.842 关键词：獐 正交试验 ISSR 引物筛选红花石蒜 ISSR-PCR反应体系的建立
以红花石蒜叶片基因组DNA为模板,分析了模板DNA、引物、dNTPs、Mg2+的浓度及Taq DNA聚合酶的用量对ISSR-PCR扩增结果的'影响.建立了石蒜ISSR分析最优化的反应体系及应用程序:即25 μL反应体系中,有20 ng模板DNA、0.5 μmol・L-1随机引物、150 μmol・L-1 dNTPs、2.0 mmol・L-1 Mg2+、1.0 U Taq DNA聚合酶.反应程序为:94 ℃预变性5 min;然后45个循环:每个循环94 ℃变性45 s,55 ℃退火60 s,72 ℃延伸2 min;循环结束后72 ℃延伸7 min.
作 者：杨志玲 冯刚利 谭梓峰 栾启福 王承南 YANG Zhi-ling FENG Gang-li TAN Zi-feng LUAN Qi-fu WANG Cheng-nan 作者单位：杨志玲,谭梓峰,栾启福,YANG Zhi-ling,TAN Zi-feng,LUAN Qi-fu(中国林业科学研究院亚热带林业研究所,浙江富阳,311400)冯刚利,FENG Gang-li(中国林业科学研究院亚热带林业研究所,浙江富阳,311400;中南林学院资源与环境学院,湖南长沙,410004)
王承南,WANG Cheng-nan(中南林学院资源与环境学院,湖南长沙,410004)
刊 名：林业科学研究 ISTIC PKU英文刊名：FOREST RESEARCH 年，卷(期)：2006 19(4) 分类号：S567.2 关键词：红花石蒜 叶片 ISSR-PCR